云南农业大学1983年成为硕士学位授权单位，1993年列为云南省属重点大学，2003年成为博士学位授权单位，2007年设立博士后科研流动站。2008年教育部本科教学评估为优秀，2009年、2013年、2014年省委省依托学校教育管理资源分别创办了云南农村干部学院、云南省食品安全管理学院、云南省高原特色农业产业研究院。2013年，经科技部、教育部审核批准建设云南农业大学新农村发展研究院。